Este museo lleva el nombre del precursor de la arqueología en la región central de Chile, el médico alemán Francisco Fonck. El museo pretende mostrar la prehistoria, etnografía e historia natural de Chile a través de sus exposiciones. En sus salas se muestran principalmente piezas arqueológicas procedentes de Ecuador, Perú y Chile. Uno de sus principales atractivos es la exposición de objetos de Isla de Pascua, en la que se muestran las famosas estatuas de piedra llamadas moáis.